tp.lycée. prof. laradi

S.V.T. T.P
3AS . BIR GHBALOU


LE
COMPLEXE ENZYME-SUBSTRAT






1) LA STRUCTURE DE
LA CARBOXYPEPTIDASE.





Ouvrir RASTOP.


→ Fichier → Ouvrir → Molécules → cpaseul.pdb



→ Rubans →
Squelette carboné → Rubans → Afficher seul pour l’afficher en squelette carboné


La colorer par
chaînes ou par résidus (→ Atomes → Colorer par → chaîne ou forme)


Faire apparaître les
liaisons faibles :


→ Liaisons
→ Liaisons hydrogène → Afficher.


→ (palette), ouvrir le menu déroulant → liaisons hydrogène → la
couleur jaune clair


Faire apparaître le
deuxième niveau d’organisation de la molécule


→ puis sur Ruban,
Afficher seul


→ Atomes →
Colorer par → Structure


Effacer les liaisons
faibles. Colorer par chaînes et → pour
afficher en sphères .





Ø
Faire pivoter la molécule et repérer un site susceptible de permettre la fixation
d’un substrat.





2) LA CARBOXYPEPTIDASE ET
SON SUBSTRAT.





2.1) Comparer la molécule seule et
la molécule complexée au substrat pour valider l’une des hypothèses



→ Fichier → Ouvrir → Molécules → cpasub.pdb.


Afficher en Sphères
et colorer par chaînes pour repérer le substrat et la lettre qui le désigne


Réorganiser les deux fenêtres en cliquant sur .


Colorer l’enzyme seule comme l’enzyme complexée en utilisant l’icône
palette


Pour chaque molécule, cliquer sur taper tyr248
pour sélectionner cet acide aminé. Le colorer en Jaune.





Ø
Repérer la
conformation du site de fixation en présence et en l’absence de substrat.





2.2) Repérer les acides aminés
autour du substrat





→ pour
afficher en Boules et bâtonnets et colorer par résidus (Forme)


→ Editer → Commande. Taper : restrict within (3.5,*s) OK. Tous
les atomes au delà de 3,5 Å autour du
dipeptide sont supprimés


Cliquer sur taper *S. L’afficher en jaune


→ Molécules → Centrer → Sélection





Ø Repérer quelques
uns des acides aminés qui font partie du site actif où se loge le substrat.





3) LA CARBOXYPEPTIDASE MUTEE.





Effacer les deux molécules.
Ouvrir le fichier cpasub.pdb et le fichier mut_cpasub.pdb sans
déplacer les molécules. Les colorer par chaînes et afficher en sphères.
Réorganiser les fenêtres.





Ø Comparer la
conformation du site actif des deux
variants.





Réduire la fenêtre de
RASTOP, ne pas effacer les molécules.





Ouvrir ANAGENE.


→ Fichier → Ouvrir
→ Séquences → 2Carboxypeptidases.edi → OK


Réaliser une
comparaison simple des deux polypeptides. Repérer les modifications. Fermer
ANAGENE.





Revenir à RASTOP.
Sélectionner les acides aminés précédemment repérés, les colorer en
blanc, les afficher en sphères.


→ pour
inverser la sélection et afficher en squelette carboné.


Sélectionner le substrat, l’afficher en sphères.Faire de même
sur l’autre molécule.





Ø Expliquer
l’inactivité de la carboxypeptidase mutée.























Prof. De science



Laradi
.a.m